O Rinnegan é um dos três grandes doujutsu de Naruto Shippuden e foi despertado por poucas pessoas na série.
Madara é um dos que conseguiu despertar o Rinnegan, e antes da sua morte, ele passou o olho para Nagato, sem que o mesmo soubesse. Mais tarde, Nagato conseguiu usar o Rinnegan em praticamente todo seu esplendor, o que inclui o poder dos Seis Caminhos.
No entanto, Nagato nunca demonstrou nenhuma habilidade especial do dojutsu, diferente do Madara, que tinha o Limbo.
Infelizmente Naruto Shippuden nunca revelou o motivo para Nagato não ter uma habilidade exclusiva graças ao Rinnegan. Em vez disso, ele podia usar apenas as habilidades que todo usuário de Rinnegan pode fazer.
Acredita-se que o motivo para Nagato não ter um poder como o Limbo seria porque ele não é um usuário natural do Rinnegan, porque o olho apenas foi transplantando para ele.
Isso é fortalecido pelo fato de que quando Madara, um usuário natural, obteve seu Rinnegan de volta, ele conseguiu usar o Limbo, que seria sua habilidade especial.
Também é provável que Nagato apenas não sabia sobre o Limbo, e isso é sugerido no mangá, quando Madara se recusa a usar o Limbo contra Obito porque Obito tinha o Rinnegan. Isso significa que se Madara não usasse o Limbo contra Obito, então Obito não o usaria contra ele.
